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L'ISEP propose plusieurs formations dans les domaines des technologies de l'information et de la communication, au sens large du terme, la principale étant sa formation ingénieur en 3 ans ou 5 ans (avec prépa intégrée) qui permet l'obtention du diplôme d'ingénieur - grade de Master – habilité par la CTI :
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"Prépa intégrée" ou cycle préparatoire en 2 ans – de type MPSI, PSI – sous contrat avec l'Etat
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Mastère en Sciences en 18 mois – formation destinée à des étudiants étrangers de niveau « Bachelor degree»
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Le projet pédagogique du cycle ingénieur est construit à partir d’une double écoute, celle des entreprises et celle des élèves. Il procède d’une approche par compétence qui préside à  la conception des programmes. Cette approche s’accompagne du recours à la pédagogie par projet, surtout dans les domaines techniques où celle-ci se révèle plus attractive et motivante pour les élèves que l’approche classique (de type, cours magistraux, TP-TD traditionnels). Elle se révèle aussi plus adaptée au développement des compétences elles-mêmes.
Dans ce cadre, après le cycle préparatoire, l’organisation des enseignements se fait avec le souci d’une souplesse accrue assurant une grande diversité de l’offre pédagogique. Ainsi,
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La première année du cycle ingénieur constitue un tronc commun s’articulant autour des domaines scientifiques et techniques essentiels (Sciences fondamentales, Électronique, Télécommunications, Informatique) auxquels s’ajoutent une solide Formation managériale ainsi qu’une Formation générale qui comporte, d’un côté, deux langues vivantes obligatoires dont naturellement l’anglais et, d’un autre côté, des séminaires de culture générale donnant une large ouverture sur l’ensemble des problématiques de la modernité
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A partir de la deuxième année du cycle ingénieur, l’offre pédagogique se décline en parcours personnalisés répondant d’une façon adaptée à des métiers en plein essor, donc aux attentes des entreprises, dans les domaines des technologies de l’information et de la communication. La diversité des parcours, tant sur le plan purement technique que sur le plan de l’orientation professionnelle, observe cependant des constantes de notre formation d’ingénieur : une expérience pratique évidente par le biais des stages ou de l’apprentissage ; une expérience internationale significative via un ou deux semestres dans des universités étrangères partenaires.
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